La Secretaría Ejecutiva ostenta la representación legal de la Federación de modo individual y actúa como primer representante de FEREDE en actividades institucionales y protocolarias. Representa a FEREDE ante las Administraciones Públicas del Estado y otros organismos públicos o privados, con quienes se establezcan relaciones de diálogo y de cooperación.

Se encarga además de ejecutar los acuerdos de los órganos de dirección de la entidad (Comisión Plenaria, Comisión Permanente y Comisión de Coordinación) y de asistir y cohesionar, en nombre de la Federación, los trabajos y servicios de las Consejerías, Consejos Evangélicos Autonómicos, Organismos autónomos de FEREDE, y las comisiones especiales y técnicas creadas por la misma.

Igualmente, tiene asignada la dirección de la Oficina de Servicios Integrados de la Federación.

En la actualidad, la Secretaría Ejecutiva está confiada a Dña. Carolina Bueno Calvo.