La FEREDE es el instrumento del que las Iglesias Evangélicas se dotan para que, las que lo deseen, puedan acudir mediante un sólo ente a negociar y trazar las líneas por las que se articula la cooperación del Estado con el  Protestantismo que esta federación aglutina. La FEREDE no se constituyó para la defensa de la libertad religiosa. La Libertad Religiosa dimana de la Constitución, Ley Orgánica de Libertad Religiosa y otras normas complementarias  y al amparo de esta libertad entran todos los grupos e Iglesias, y no es necesaria la FEREDE para su desenvolvimiento. Sin embargo, a pesar del importante marco actual para el ejercicio de la libertad religiosa, los protestantes sentimos que aún perdura la inercia de los siglos de intolerancia que nos han legado situaciones de desigualdad y discriminación que es preciso denunciar y combatir desde la plataforma del diálogo y del deseo de construir una sociedad más tolerante, pluralista y justa.

Así pues, de acuerdo con sus estatutos y su origen histórico, sus funciones principales podrían ser resumidas en las tres que seguidamente se expresan:

• En primer lugar, el desarrollo de los Acuerdos de Cooperación suscritos con el Estado.
• En segundo término, promover el efectivo cumplimiento de la libertad y no discriminación en materia religiosa que proclama nuestra constitución.
• Por último, ser el cauce idóneo para el ejercicio de las acciones conjuntas de interés general que las Iglesias evangélicas acuerden.

Estas tres funciones son llevadas a cabo procurando un clima de entendimiento, de respeto entre las confesiones religiosas y de acción constructiva en beneficio de los demás.

Anualmente, la Federación publica una memoria de actividades donde se recoge un resumen de las principales actuaciones realizadas.