Esta Federación ha desarrollado un área de formación a fin de capacitar a las iglesias y  sus miembros en aquellas materias citadas en los Acuerdos de Cooperación o en aquellas áreas en las que tienen que desenvolverse en su relación diaria con las distintas administraciones.  Las principales actividades son la Formación del Profesorado de Enseñanza Evangélica, la Coordinación en Formación Teológica y la Formación Social y Jurídica, desarrollada esta última a través de la Escuela de Diaconía España.