Desde años, los protestantes españoles están organizados también en el ámbito autonómico, a través de los denominados Consejos Evangélicos Autonómicos que, ceñidos en su actuación a una determinada Comunidad Autónoma, sirven de instrumento a las Iglesias para el ejercicio de acciones conjuntas y el mantenimiento de un diálogo con las autoridades competentes. Estos Consejos Autonómicos tienen criterio individual de actuación y personalidad jurídica propia aunque se rigen, además de por sus propios Estatutos, por los de FEREDE. Sus funciones son desarrollar y aplicar el Acuerdo de cooperación en el ámbito autonómico, realizar Acuerdos autonómicos específicos, posibilitar acciones conjuntas entre iglesias y mantener un diálogo con las autoridades competentes.