Una de las principales finalidades de la Federación es trabajar y mantener una interlocución unificada de la comunidad protestante ante las Administraciones del Estado, con el doble propósito de mejorar el espacio de libertad religiosa en el que se desenvuelven nuestras iglesias y desarrollar las relaciones de cooperación constructiva con las autoridades y la sociedad.

Si bien el ordenamiento jurídico español reconoce el derecho a la libertad religiosa en nuestra nación, el escaso desarrollo normativo que ha acompañado en relación a las confesiones minoritarias ha propiciado que el ejercicio de dicha libertad se encuentre aún hoy con trabas en distintos ámbitos como la apertura de lugares de culto, la enseñanza religiosa evangélica en centros educativos públicos o la prestación de asistencia religiosa en establecimientos públicos.  Es labor de esta Federación propiciar los cauces de comunicación necesarios y trabajar para el impulso y establecimiento de normas que faciliten a los fieles de esta confesión el ejercicio de este derecho, así como manifestar su opinión sobre aquellos asuntos de carácter universal.

Por otro lado, promover la visibilización de la iglesia evangélica es una necesidad de la iglesia en España, razón por la que se procura la participación activa en foros nacionales e internacionales. En esta tarea participan tanto el Secretario Ejecutivo como el resto de integrantes de la Comisión Permanente y otros cargos y expertos en los Servicios que presta la Federación.